Khoản 2, Điều 33, Thông  tư 156/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật quản lý thuế quy định về Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa. tại quy định này nêu rõ Người nộp thuế có quyền giải quyết số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo thứ tự quy định sau:

“a) Bù trừ tự động với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ hoặc còn phải nộp của cùng loại thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều 29 Thông tư này (trừ trường hợp nêu tại điểm b khoản 1 Điều này).

b) Bù trừ tự động với số tiền phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo của từng loại thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) quy định của mục lục ngân sách nhà nước (trừ trường hợp nêu tại điểm b khoản 1 Điều này). Trường hợp quá 06 (sáu) tháng kể từ thời điểm phát sinh số tiền thuế nộp thừa mà không phát sinh khoản phải nộp tiếp theo thì thực hiện theo hướng dẫn tại điểm c khoản này.

c) Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo hướng dẫn tại điểm b khoản 1 Điều này và người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa quy định tại điểm a khoản này sau khi thực hiện bù trừ theo hướng dẫn tại điểm a, điểm b khoản này mà vẫn còn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thì người nộp thuế gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế đến cơ quan thuế trực tiếp quản lý để được giải quyết hoàn thuế theo hướng dẫn tại Chương VII Thông tư này.”

Căn cứ hướng dẫn nêu trên trường hợp BQL đã nộp thừa 9.128.330 đ, trong vòng 6 tháng kể từ thời điểm phát sinh số tiền nộp thừa hàng tháng DN không phát sinh số phải nộp thì được hoàn thuế nộp thừa nêu trên. Thủ tục hoàn thuế bao gồm: Giấy đề nghị hoàn trả mẫu số 01/ĐNHT ban hành kèm theo TT 156/2013/TT-BTC hướng dẫn một số điều của Luật quản lý thuế và các tài liệu kèm theo (nếu có) ….